通过机组运行方式设置的环保措施主要用于减少排气中NOx和SO2污染。NOx在机内的产生量主要取决于气缸内温度和氧气浓度及氧和氮在高温中的停留时间。为减少NOx排放可以推迟喷油始点，缩短高温燃烧时段，从而减少氮在高温中停留时间，据试验统计，喷油提前角降低1°曲轴转角，NOx相应减少3%~7%,但这样一来将造成后燃增加、燃油耗率提高和未燃烃（HC）生成量增加等不良后果。每减少20%~30%NOx生成量，燃油耗率提高1%~3%,成为该措施实施中的最大制约因素。减少NOx排放还可采用氨脱氮的催化还原法，但设备庞大，投资额大，运行成本高。为降低SO2排放可采用石灰-石膏法，但也存在装置体积庞大，投资额高的缺点，而且由于生成的石膏量较大，难以处理使用，易产生二次污染。